Jmol JavaScript Object/ja
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JSmol - Jmol JavaScript オブジェクト
JSmolの中核となるのはJmol JavaScriptオブジェクト（window.Jmol）で、これにはJavaScriptの関数やユーティリティが含まれています。最初のJmolオブジェクトは2012年の初めにボブ・ハンソン（Bob Hanson）とポール・パイロット（Paul Pillot）によって開発されました。そしてこの年の後半にはJSmolに組み込まれました。ライブラリ 
JSmol.min.js はこのオブジェクトを提供するもので、以前はJmol Javaアプレットとともに排他的に用いられていた Jmol.js JavaScriptライブラリの後継となるものです。これを使えば、よりすっきりとした効率的な方法でウェブページ上のJmolとやりとりをすることができます。また、分子モデルの視覚化を抽象化することにより、JavaアプレットをJavaとは異なるHTML5 canvas要素（これはJmolでさえない場合もある）へとシームレスかつ選択的に置き換えることができます。
ウェブページ開発者はJSmolを使うと、もはやJavaアプレットをサポートしなくなったほとんどのウェブブラウザを対象とすることができます。これはJmolアプレットサロゲート（Jmol applet surrogate）を使っていて、互換性のある環境下でのJmol Javaアプレットをまだサポートしています。
JSmolはまた、画面の背後でRCSB PDBデータベース、米国国立がん研究センターのCACTVSサーバ、PubChemなどの公開データベースにアクセスする機能も備えています。
さらに、JSmolは以下のオブジェクトと簡単にやりとりすることができます。
- JSpecView HTML5 オブジェクト: これにより3DモデルをIR、NMR、UV/VIS、GC/MSスペクトルに関連付けることができます（より詳しい説明参照）
- JSME HTML5 オブジェクト: 簡単な化合物2d描画を使って3Dモデルを生成することができます（より詳しい説明参照）
JSmolはjQuery1.9や1.10と完全に互換性があります。（ｊQuery 2.0はサポートしていません。また原則として file:// を使ってローカルで実行するMSIEはサポートしないと報告されています。したがって、ローカル環境のMSIEでページを実行する必要がない場合は問題ありません。その場合、jQueryを少し修正する必要があります）。ライブラリはW3CとXHTMLで検証されています。
JSmolの主な機能
JSmolの中心となるのはJmol JavaScriptオブジェクト（window.Jmol）で、一連のJavaScript関数やユーティリティを含んでいます。
最初のJmolオブジェクトは2012年の初期にボブ・ハンソン（Bob Hanson）とポール・ピロット（Paul Pillot）によって開発されました。
そしてその年の後ほど、縮めたJSmolという名前になりました。
JSmolの機能を提供するライブラリ JSmol.min.js は、Jmol Javaアップレットとは同時には使えなかったJavaScriptライブラリJmol.jsの後継となるものです。よりすっきりとした効率的な方法でウェブページ上のJmolを操作でき、JavaアプレットとJavaを使わないHTML5 canvas要素とを簡単に切り替えて分子を視覚化することができます。
ウェブページ開発者はJSmolを使うことにより、 これまでのJmol Javaアップレットによる実装を維持しつつ Javaを扱うことが難しい環境（iPad、iPhone）やアップレットを扱うのに支障がある環境（Android）にJmolアップレットに代わる方法を提供することができます。 これにより、様々な環境でJmolが利用できるようになるだけでなく、 「申し訳ありません。あなたの環境にはJavaがインストールされていません...」というメッセージを見なくても済みます。
また、JSmolには、 RCSB PDBデータベース、米国国立癌研究所（NCI）CACTVSサーバ、PubChemといった公共データベースにバックグランドで直接アクセスする機能も統合されています。 RCSB PDBデータベース、米国がん研究所CACTVSサーバ、PubChemといった公共データベースにバックグランドで直接アクセスする機能も統合されています。 しかもJmol Javaアップレットが使えないユーザ環境からも利用できます。
更に JSmol により、以下のような関連情報も簡単に利用することができます。
- JSpecView JavaアップレットまたはHTML5オブジェクトにより、立体モデルをIR、NMR、UV/VIS、GC、GC/MSのスペクトルを関連づけることができます（詳しくは こちらをご覧下さい）。
- JME JavaアップレットまたはJSME HTML5オブジェクトにより、簡単な二次元描画を使って立体モデルを生成することができます（詳しくは こちらをご覧下さい）。
JSmolは、jQuery 1.9 または 1.10と完全な互換性があります （MSIEにおいて、file:// を使って開いたローカルファイルの動作は原則として保証しないものとされているため、jQuery 2.0についての互換性は保証しません。MSIE環境でローカルファイルを開く必要がないのであれば、問題なく動作するでしょう。その必要があるなら、jQueryを少し調整する必要があります）。ライブラリはW3CとXHTMLで検証されています。
