Difference between revisions of "Jmol JavaScript Object/ja"

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(→‎Jmol Javascript オブジェクト（JSmol）: Partially translated from Jmol JavaScript Object ver. 2015-9-29 (Tue) 05:19 (UTC) written by Ppillot, AngelHerraez, Hansonrstolaf, Hansonr and Cudo29.)
 
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JSmolの中心となるのはJmol JavaScriptオブジェクト（<code>window.Jmol</code>）で、一連のJavaScript関数やユーティリティを含んでいます。
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最初のJmolオブジェクトは2012年の初期にボブ・ハンソン（Bob Hanson）とポール・ピロット（Paul Pillot）によって開発されました。
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そしてその年の後ほど、縮めた'''JSmol'''という名前になりました。
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JSmolの機能を提供するライブラリ {{file| JSmol.min.js}} は、Jmol Javaアップレットとは同時には使えなかった<!--[{{Website}}jslibrary/ Jmol.js JavaScriptライブラリ]-->JavaScriptライブラリJmol.jsの後継となるものです。よりすっきりとした効率的な方法でウェブページ上のJmolを操作でき、JavaアプレットとJavaを使わないHTML5 canvas要素とを簡単に切り替えて分子を視覚化することができます。
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<!--[http://rcsb.org/ RCSB PDBデータベース]-->RCSB PDBデータベース、<!--[http://cactus.nci.nih.gov/ 米国国立癌研究所（NCI）CACTVSサーバ]-->米国国立癌研究所（NCI）CACTVSサーバ、<!--[http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ PubChem]-->PubChemといった公共データベースにバックグランドで直接アクセスする機能も統合されています。
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RCSB PDBデータベース、米国がん研究所CACTVSサーバ、PubChemといった公共データベースにバックグランドで直接アクセスする機能も統合されています。
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しかもJmol Javaアップレットが使えないユーザ環境からも利用できます。
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更に '''JSmol''' により、以下のような関連情報も簡単に利用することができます。
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* '''JSpecView JavaアップレットまたはHTML5オブジェクト'''により、立体モデルをIR、NMR、UV/VIS、GC、GC/MSのスペクトルを関連づけることができます（詳しくは [[Jmol_JavaScript_Object/JSV|こちら]]をご覧下さい）。
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* '''JME JavaアップレットまたはJSME HTML5オブジェクト'''により、簡単な二次元描画を使って立体モデルを生成することができます（詳しくは [[Jmol_JavaScript_Object/JME|こちら]]をご覧下さい）。
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'''JSmol'''は、<!--[http://jquery.com jQuery]-->jQuery 1.9 または 1.10と完全な互換性があります
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（MSIEにおいて、file:// を使って開いたローカルファイルの動作は原則として保証しないものとされているため、jQuery 2.0についての互換性は保証しません。MSIE環境でローカルファイルを開く必要がないのであれば、問題なく動作するでしょう。その必要があるなら、jQueryを少し調整する必要があります）。ライブラリはW3CとXHTMLで検証されています。
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== JSmol ==
 
== JSmol ==
 
=== 現在あるJSmolの制限事項 ===
 
=== 現在あるJSmolの制限事項 ===

Revision as of 07:08, 29 September 2015

Jmol JavaScript オブジェクト（JSmol）

JSmolの主な機能

JSmolの中心となるのはJmol JavaScriptオブジェクト（window.Jmol）で、一連のJavaScript関数やユーティリティを含んでいます。 最初のJmolオブジェクトは2012年の初期にボブ・ハンソン（Bob Hanson）とポール・ピロット（Paul Pillot）によって開発されました。 そしてその年の後ほど、縮めたJSmolという名前になりました。 JSmolの機能を提供するライブラリ File icon.gif JSmol.min.js は、Jmol Javaアップレットとは同時には使えなかったJavaScriptライブラリJmol.jsの後継となるものです。よりすっきりとした効率的な方法でウェブページ上のJmolを操作でき、JavaアプレットとJavaを使わないHTML5 canvas要素とを簡単に切り替えて分子を視覚化することができます。

ウェブページ開発者はJSmolを使うことにより、 これまでのJmol Javaアップレットによる実装を維持しつつ Javaを扱うことが難しい環境（iPad、iPhone）やアップレットを扱うのに支障がある環境（Android）にJmolアップレットに代わる方法を提供することができます。 これにより、様々な環境でJmolが利用できるようになるだけでなく、 「申し訳ありません。あなたの環境にはJavaがインストールされていません...」というメッセージを見なくても済みます。

また、JSmolには、 RCSB PDBデータベース、米国国立癌研究所（NCI）CACTVSサーバ、PubChemといった公共データベースにバックグランドで直接アクセスする機能も統合されています。 RCSB PDBデータベース、米国がん研究所CACTVSサーバ、PubChemといった公共データベースにバックグランドで直接アクセスする機能も統合されています。 しかもJmol Javaアップレットが使えないユーザ環境からも利用できます。

更に JSmol により、以下のような関連情報も簡単に利用することができます。

  • JSpecView JavaアップレットまたはHTML5オブジェクトにより、立体モデルをIR、NMR、UV/VIS、GC、GC/MSのスペクトルを関連づけることができます（詳しくは こちらをご覧下さい）。
  • JME JavaアップレットまたはJSME HTML5オブジェクトにより、簡単な二次元描画を使って立体モデルを生成することができます（詳しくは こちらをご覧下さい）。

JSmolは、jQuery 1.9 または 1.10と完全な互換性があります （MSIEにおいて、file:// を使って開いたローカルファイルの動作は原則として保証しないものとされているため、jQuery 2.0についての互換性は保証しません。MSIE環境でローカルファイルを開く必要がないのであれば、問題なく動作するでしょう。その必要があるなら、jQueryを少し調整する必要があります）。ライブラリはW3CとXHTMLで検証されています。

JSmol

現在あるJSmolの制限事項

バイナリファイルの読み込み

JmolページからJSmolページへの変換

「アダプタ」ライブラリJmol2.jsを用いた変換

JSmolを使わないJmolアップグレード

インストール

ファイルのダウンロード

特定のブラウザに対する配慮

ローカルファイルへのアクセス

WindowsのMSIE（Internet Explorer）

WindowsのChrome

初期設定

ブラウザに関する問題

ライブラリの読み込み

軽量版JSmol

最適構成

パラメータの設定

URLによるパラメータの設定

Jmol JavaScriptオブジェクトの各機能

Contributors

Cudo29, AngelHerraez

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